2017-12

DNR užuolaidos – platforma DNR ir baltymų tyrimams pavienių molekulių fluorescencinei mikroskopijai.

2017-12-13 14:00

Pavadinimas: DNR užuolaidos – platforma DNR ir baltymų tyrimams pavienių molekulių fluorescencinei mikroskopijai.

Pranešėjas: Marijonas Tutkus.

Santrauka:

Baltymų ir nukleorūgščių (NR) sąveika yra svarbi visų pagrindinių ląstelės funkcijų reguliacijai. Šiuolaikiniai pavienių molekulių fluorescencinės mikroskopijos (PMFM) metodai leidžia realiu laiku studijuoti individualios baltymo molekulės elgesį surišant NR taikinį. Tačiau šie metodai yra techniškai sudėtingi ir juos ne visada pasiseka lengvai pritaikyti. PM eksperimentų metu, dėl neigiamos paviršiaus ar žymėjimo įtakos Tiriamosioms molekulėms, dažnai sunku surinkti tiek duomenų kad registruojami pokyčiai būtų statistiškai reikšmingi. „DNR užuolaidos” yra tolimesnis PMFM metodo vystymosi etapas, kuris leidžia pasiekti didesnį tyrimo našumą. „DNR užuolaidos“ yra prie stiklo pritvirtinti ir tam tikru būdu išdėstyti NR fragmentai, kurie ištiesiami horizontaliai paviršiui naudojant buferio tėkme.  Pritvirtintų NR fragmentų išsidėstymą ir tankį galima reguliuoti. Ant šios platformos užleidus fluorescentiškai žymėtą baltymą, sąveiką su NR galima stebėti tiesiogiai PMFM pagalba. Metodas leidžia išvengti sudėtingo tiriamo baltymo žymėjimo – užtenka prijungti kvantinį tašką (KT) prie baltymo. Numatoma, kad mūsų platforma pirma bus išbandyta naudojant anksčiau charakterizuotus su NR sąveikaujančius baltymus (BcnI, Bse634), o vėliau pritaikyta ir naujiem objektams. Matavimo sistema leidžia stebėti iškart daug individualių baltymo ir NR sąveikų. Šio naujo metodo potencialas NR – baltymų sąveikos tyrimams yra didžiulis (atskleidžia informaciją apie taikinio paieškos mechanizmus, sąveikos konstantas ir kt.) ir todėl jis nenustojamai vystomas.

Čia pristatysiu unikalią stiklo paviršiaus nanostruktūrizavimo technologiją, leidžiančią sukurti „DNR užuolaidų“ platformą įvairioms NR ir baltymų sąveikoms tirti PMFM pagalba. Taip pat pristatysiu technines kliūtis, su kuriomis susiduriame šiuo metu optimizuodami paviršiaus modifikavimo ir struktūrizavimo metodus. Bei pateiksiu metodo taikymo pavyzdžių.

Data, laikas  ir vieta: 2017-12-15, 14:00, NFTMC A101 auditorija.

Organizuoja: MDFS ir VU FF TFK (Cheminės fizikos institutas).

Kontaktai: marijonas.tutkus@ftmc.lt


Elektronų ir protonų pernašos greitis oksidoreduktazių katalizuojamose biocheminėse reakcijose: teoriniai modeliai ir eksperimentinių tyrimų problemos

2017-12-08 10:29

Kviečiame į  paskutinį šį semestrą  Cheminės fizikos seminarą. Seminaras vyks  kitos savaitės trečiadienį, gruodžio 13 d., tačiau atkreipkite dėmesį į netradicinį laiką – _12:30_. Seminaro vieta nesikeičia – B336 NFTM Centre.

 

Paskutinį pranešimą šiais metais perskaitys svečias iš Gyvybės mokslų centro – jaun. m. darb. Audrius Laurynėnas, todėl seminaras turėtų suintriguoti ypač tuos, kurie domisi chemofizikiniais procesais gyvuose organizmuose.

 

Pranešėjas: Audrius Laurynėnas [VU Gyvybės mokslų centras]

Tema: Elektronų ir protonų pernašos greitis oksidoreduktazių katalizuojamose biocheminėse reakcijose: teoriniai modeliai ir eksperimentinių tyrimų problemos

 

Anotacija: Oksidoreduktazės yra labai įdomūs baltymai, kurie katalizuoja bene labiausiai gamtoje paplitusią cheminių reakcijų klasę – oksidacijos ir redukcijos reakcijas. Šių reakcijų metu vyksta elektronų ir protonų pernaša nuo vieno fermento substrato kitam. Šios reakcijos yra įdomios tiek teoriniu, tiek praktiniu požiūriu. Geresnis jų supratimas leistų racionaliai modifikuoti dabar žinomus baltymus ir jų pagrindų kurti naujas bio(elektro)katalizines sistemas su potencialiai beribiu pritaikymu tiek pramonėje, tiek moksliniuose tyrimuose. Prieš pusę šimto metų, R. A.  Marcus sukūrė krūvio pernašos teoriją, kuri šiuo metu yra pagrindinis teorinis įrankis, leidžiantis suprasti elektronų ir protonų pernašos reakcijas įvairiose sistemos.

Seminaro metu ši teorija bus apžvelgiama iš biochemiko (sic!) perspektyvos. Bus aptarti jos pritaikymai tiriant ir suprantant įvairių oksidoreduktazių veikimo mechanizmus.

 

Maloniai kviečiame dalyvauti